Jeszcze przed początkiem lat sześćdziesiątych XX wieku Morze Aralskie było czwartym co do wielkości jeziorem na świecie. Wszystko zaczęło się od intensywnego poboru wody do nawadniania pól bawełny i ryżu z rzek zasilających Aral - Amu Darya i Syr Darya, co zmniejszyło wypełnienie morza do punktu krytycznego. A potem, na początku lat sześćdziesiątych, rozpoczęto już nieodwracalne odwrócenie procesu suszenia … Od tego czasu zaczęły się problemy Morza Aralskiego.
W 1989 r. Morze Aralskie rozpadło się na 2 odizolowane zbiorniki - Wielkie Morze Aralskie należące do Uzbekistanu i Małe Morze Aralskie - Kazachstan. Do 1996 r. Straciła ¾ objętości wody i większość mieszkańców musiała opuścić ten obszar. Do 2003 r. Objętość wody wynosiła tylko około 10%, a jej powierzchnia wynosiła około jednej czwartej oryginału. Linia brzegowa cofnęła się o 100-150 km, zasolenie wody wzrosło dwa i pół razy. Piaszczysta pustynia solonchak, utworzona w miejscu niegdyś głębokiego morza, o powierzchni 38 000 km2, nosiła nazwę Aralkum.
Po wycofującym się morzu pozostało suche dno morskie, pokryte solą i osadami pestycydów rolniczych i pestycydów, wypłukane z lokalnych pól. Częste burze piaskowe charakterystyczne dla pustyni wznoszą wszystko w powietrze i rozprzestrzeniają na rozległe terytoria. Pył czasami rozprzestrzenia się na odległości 700-800 km i dociera do takich rosyjskich regionów, jak Czelabińsk i Orenburg. Wdychanie takiego toksycznego pyłu podważa zdrowie ludzi, zmniejsza odporność, prowadzi do reakcji alergicznych i wielu innych niebezpiecznych chorób. Według ekspertów medycznych miejscowa ludność cierpi na rozległe choroby układu oddechowego, zaburzenia trawienne, raka przełyku i gardła, niedokrwistość. Częstsze są przypadki chorób nerek, wątroby i oczu.
Aral był kiedyś najbogatszym dostawcą owoców morza. Teraz poziom zasolenia w nim jest tak wielki, że padło wiele gatunków ryb. Najczęstszym mieszkańcem w ostatnich latach była flądra czarnomorska, wprowadzona w latach 70., która jest najbardziej przystosowana do życia w słonych wodach morskich, ale do 2003 r. Również zniknęła: zasolenie wody 2-4 razy zaczęło przekraczać swoje zwykłe środowisko morskie. Zbyt wysoki poziom pestycydów często znajduje się w tkankach obecnie złowionych ryb, co oczywiście wpływa również na zdrowie regionu Morza Aralskiego. Przemysł rybny i przetwórczy wymiera, a ludność pozostaje bez pracy …
Problemy środowiskowe Morza Aralskiego dotknęły nie tylko region Morza Aralskiego. Ponad 100 tysięcy ton soli i drobnego pyłu zmieszanych z różnymi truciznami i chemikaliami rozprzestrzenia się rocznie z wysuszonej powierzchni, wywierając niszczycielski wpływ na wszystko, co żyje w pobliżu. Efekt zanieczyszczenia jest wzmocniony przez fakt, że Morze Aralskie znajduje się w kierunku silnego strumienia powietrza, co przyczynia się do usuwania pyłu do wysokiej atmosfery, więc nie jest zaskakujące, że ślady przepływów soli obserwuje się w Europie, a nawet (kto by pomyślał!) Ocean Arktyczny.
Wraz z obniżeniem poziomu wody w Morzu Aralskim poziom wód gruntowych również się obniżył, przyspieszając proces pustynnienia otaczającego obszaru. Od połowy lat 90. XX wieku, zamiast bujnych zielonych krzewów, drzew i traw, widoczne są tu tylko rzadkie kiście roślin (halofity i kserofity) przystosowane do suchych i zasolonych gleb. Ssaki i ptaki przeżyły jednak nie więcej niż połowa lokalnych gatunków. Zmienił się klimat w strefie 100-kilometrowej od pierwotnej linii brzegowej: zimą stał się chłodniejszy, latem cieplejszy, wilgotność powietrza spadła, co naturalnie wpłynęło na ilość opadów, częstsze były susze i skrócił się okres wegetacji.
Środowisko naturalne można bardzo szybko zniszczyć, a jego odtworzenie jest długim i trudnym procesem. Niestety, pełne przywrócenie Morza Aralskiego jest już niemożliwe, ale podejmowane są próby (i nie bezskutecznie) odnowienia północnego - Małego Aralu. Rząd Kazachstanu, z pomocą Banku Światowego, podejmuje działania w celu podniesienia poziomu wody w nim, a tym samym zmniejszenia jego zasolenia.